取保候审结束后保证金应全额退还，除非违反规定。依据《中华人民共和国刑事诉讼法》，未违反规定者，取保候审结束时，应凭相关通知或文书全额领取保证金。若只退还一半，可能是因违反了取保候审的规定，需及时咨询处理，否则可能影响个人权益。
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处理取保候审保证金问题，常见方式有咨询律师、与办案机关沟通。建议先与办案机关确认保证金退还情况，若有异议，及时咨询专业律师，以便根据具体情况采取合适措施，保障自身权益。